Patricia Saragüeta y un equipo de investigadores e investigadoras del Consejo utilizaron la técnica de secuenciación Hi-C para obtener el genoma de uno de los mamíferos más característicos de la Argentina.
Lagostomus maximus, comúnmente denominada vizcacha, es una especie de roedor que habita las llanuras sudamericanas. Principalmente se encuentra distribuida en Argentina, desde el norte de la Patagonia, a lo largo de la región pampeana, hasta el sur de Bolivia y Paraguay. Retratada en la literatura popular, tanto como en textos naturalistas, como los de William Hudson, la vizcacha tiene un gran valor simbólico. Por esto, Patricia Saragüeta, Francisco Pisciottano y Clara Campos, investigadora e investigador del CONICET y becaria doctoral, respectivamente, en el Instituto de Biología y Medicina Experimental (IBYME, CONICET-F-IBYME) se propusieron describir el primer genoma ensamblado de cromosoma a cromosoma de esta especie de mamífero autóctono.
El proyecto se llevó a cabo en el marco del consorcio internacional DNAZoo, dirigido por Erez Lieberman Aiden y Olga Dudchenko, investigadores miembros del College of Medicine, Houston, Texas, al cual pertenece el equipo. El consorcio busca crear una base de datos de genomas animales mediante el aprovechamiento de la técnica de secuenciación High- Throughput chromosome conformation capture (Hi-C).
La investigación
Como explica Saragüeta el genoma de una especie es la información que se encuentra en su ADN. “Conocer los genomas de todas las especies sirve para poder estudiar la asociación que existe entre las características que aparecen en la especie y la información que esta posee”, sostiene la científica.
Hasta el momento el genoma de la vizcacha no había sido secuenciado. Para lograrlo, el primer paso del equipo fue contactarse con el Centro de Estudios Biomédicos Básicos, Aplicados y Desarrollo (CEBBAD), dirigido por Alfredo Vitullo, que proporcionó la muestra necesaria para realizar la investigación, proveniente de una hembra adulta de la llanura argentina.
Posteriormente, y con el objetivo de conocer las interacciones moleculares entre las diferentes regiones de los genomas, el equipo de investigación utilizó Hi-C. Esta técnica permite, según Pisciottano y Campos, tanto conocer las conexiones de un gen con sus regiones reguladoras y promotores, como utilizar la información de las interacciones físicas del ADN en el núcleo para lograr mejores ensamblados de los genomas, respecto de los métodos tradicionales.
Así, se logró “una secuencia de principio a fin de cada cromosoma”, puntualiza Saragüeta. Y continua: “No existen este tipo de calidad de genomas en Argentina. El genoma de la vizcacha es el primero a nivel nacional y la primera contribución argentina al consorcio DNAzoo”.
Los Aportes
Al igual que otras ratas de carga, las vizcachas de la Patagonia Norte tienen el hábito de recolectar “recuerdos”. Por esta razón, en determinados sitios como la Cueva del Huemul, funcionan como una especie marcadora en paleoecología, porque aportan a la reconstrucción de las antiguas costumbres patagónicas. Sin embargo, es muy difícil determinar las especies de roedores que habitaban estas cuevas. La información genómica podría contribuir a precisar la presencia de la vizcacha a través del ADN de su materia fecal.
Así, el genoma podría constituirse en una información beneficiosa para varias disciplinas científicas: “Puede ser útil tanto para un fisiólogo que se interesa por saber cómo es la reproducción de la vizcacha, como para un paleontólogo que necesita corroborar la presencia del mamífero en determinado territorio”, destaca la investigadora.
“A la hora de trabajar con la información genética asociada a las características particulares de una especie, las limitaciones no solo provienen de la calidad de secuenciación del genoma y el ensamblado del mismo, sino también del anotado”, explica Pisciottano. “Contar con un genoma de alta calidad, ensamblado a nivel de cromosoma, nos permitirá conseguir un anotado de igual calidad”, comenta, en tanto, Campos. Por este motivo, hacia el futuro, los esfuerzos de las y los investigadores del equipo se dirigirán hacia el anotado y estudios funcionales del mismo.
Para Saragüeta este tipo de proyectos no son posibles sin grandes equipos de trabajo y conexiones en red entre ellos. “Lo que se viene es la ciencia colectiva. Dejar de lado los éxitos personales en pos de conseguir resultados más coordinados”, reflexiona.
Fuente: CONICET
